La seconda esperienza di Fabio Capello al Real Madrid, nella stagione 2006/07, non è stata così esaltante. Certo, il club spagnolo ha vinto la Liga – tra l’altro all’ultima giornata, dopo una rimonta nella ripresa del match decisivo contro il Maiorca – ma ci sono anche tanti ricordi sgradevoli con diversi calciatori: Cassano, Beckham, Ronaldo. Proprio in merito all’attaccante brasiliano, l’ex allenatore italiano ha rilasciato alcune dichiarazioni durante un’intervista a Sky Sport: «Si tratta del più grande talento che abbia mai allenato. Ma allo stesso tempo è stato il giocatore a creare il maggior numero di problemi nel mio spogliatoio».
Secondo Capello, l’attaccante brasiliano ex Inter non aveva una vita privata lo aiutasse nella sua carriera: «Organizzava delle feste in cui poteva succedere qualsiasi cosa. Un giorno, Ruud van Nistelrooy venne da me e mi disse che lo spogliatoio del Real puzzava di alcool». Il centravanti olandese ha smentito su Twitter le parole del suo ex allenatore: «Non ho mai rivolto quelle parole a Fabio Capello. Lo spogliatoio del Real era caratterizzato da un alto livello di professionalità, io e tutti i miei compagni di squadra abbiamo lavorato e difeso i colori del Real con la massima concentrazione».
Nella sessione di mercato del gennaio 2007, Ronaldo fu ceduto al Milan. In merito a quella cessione, Capello non ha dubbi: «Dopo l’addio di Ronaldo, iniziammo a vincere. Ma se parliamo di pura qualità calcistica, non ho mai allenato un giocatore forte come lui». Nella stessa cessione che vide Ronaldo partire in direzione Milano, il Real Madrid acquistò Fernando Gago, Gonzalo Higuaín e Marcelo, allora tutti giovanissimi e promettenti. Il titolo nazionale arrivò grazie alla classifica avulsa nei confronti del Barcellona di Rijkaard, arrivato a pari punti con le Merengues. Nonostante il successo in campionato, Capello fu sostituito a causa del rendimento negativo in Champions – il Real fu eliminato agli ottavi di finale dal Bayern Monaco – e per un gioco ritenuto poco spettacolare. Al suo posto arrivò Bernd Schuster, che condusse il Madrid alla vittoria di un’altra Liga, nella stagione 2007/08. Capello, dopo pochi mesi, sarebbe stato nominato commissario tecnico della Nazionale inglese.